在科技部科研条件和财务司司长张晓原看来，这是对我国中央财政科技计划体系的一次“大手术”。“改革开放以来，863计划、973计划、国家自然科学基金等国家科技计划取得了一大批举世瞩目的成果。但这些年科技计划、专项、基金的产出与国家发展的要求相比还远远不够，很多重要领域都亟需真正具有标志性、带动型，能够解决制约发展‘卡脖子’问题的重大科学技术突破。”

张晓原表示，当前我国科技计划、专项、基金在体系布局、管理体制、运行机制、总体绩效等方面都存在诸多问题，突出表现在科技计划碎片化和科技项目取向聚焦不够两个方面，这些问题反映出科技宏观管理体制和政府部门的职能定位与科技创新和产业变革的趋势不相适应。

基于上述问题，《方案》改革的总体目标是，强化顶层设计、打破条块分割，加强部门功能性分工，建立具有中国特色的以目标和绩效为导向的科技计划（专项、基金等）管理体制。

据张晓原介绍，根据改革目标，此次《方案》提出推进优化整合的五个原则：一是转变政府科技管理职能，政府各部门不再直接管理具体项目，建立统一的宏观管理和监督评估机制，解决科技资源配置“碎片化”问题；二是聚焦国家重大战略任务，优化科技计划、专项、基金等布局，确定主攻方向，解决目标分散问题；三是促进科技与经济深度融合，围绕产业链部署创新链，围绕创新链完善资金链；四是明晰政府与市场的关系，政府重点支持市场不能有效配置资源的公共科技活动。五是坚持公开透明和社会监督，加强全过程的信息公开。

此外，《方案》还提出了六个方面的重点工作：一是建立联席会议制度，由科技部牵头，财政、发改等部门共同制定议事规则；二是依托专业机构管理项目，把政府部门从资金的具体分配和项目的日常管理中解放出来，改为由规范化的专业机构负责；三是设立战略咨询和综合评审委员会，统一对科技计划等进行决策咨询和评审；四是建立统一的评估和监管机制，监督和评估结果作为财政后续支持的重要依据；五是建立动态调整和终止机制，对现有资源配置进行优化，新设立科技计划、专项、基金等要严格按程序报批；六是完善国家科技管理信息系统，向社会公开信息。